В настоящее время существует несколько гипотез относительно механизма анаэробной коррозии стали, железа и алюминия под действием сульфатредуцирующих бактерий, из которых представляют интерес следующие:
•    катодной деполяризации, проявляющейся в стимуляции катодного участка корродируемого металла путем перемещения и потребления бактериями поляризованного водорода;
•    стимуляции катодной деполяризации твердыми сульфидами железа, образующимися в результате взаимодействия ионов железа с сульфид-ионами, которые являются конечным продуктом бактериального восстановления сульфатов.
Большой вклад в изучение механизма анаэробной коррозии внесли Бут и Тиллер. Ими выполнена серия работ с различными штаммами сульфатредуцирующих бактерий, являющихся деполяризаторами малоуглеродистой стали и алюминия. Эти авторы, используя поляризационный метод исследования, показали, что способность сульфатредуцирующих бактерии осуществлять катодную деполяризацию зависит от способности усваивать элементарный водород, т. е. от гидрогеназной активности. Было также показано, что гидрогеназположительные штаммы сульфатредуцирующих бактерий являются причиной более высокой скорости коррозии, чем скорость коррозии, вызываемой штаммами, не содержащими этот фермент. Согласно данным этих авторов, процесс коррозии стали и алюминия под действием сульфатредуцирующих бактерий происходит аналогично.