Третий путь, при помощи которого микроорганизмы включаются в коррозионный процесс, связан с деятельностью железобактерий и образованием дифференцированно аэрируемых ячеек. Этот процесс развивается в водопроводных трубах, по которым идет вода, содержащая кислород, углекислоту, аммонийные или нитратные соли, имеющая рН около 5—6. Прикрепившиеся к трубе железобактерии размножаются и окисляют закисное железо до окисного. При этом происходит быстрое осаждение гидроокиси железа и образуются наросты-конкреции на внутренней стенке трубы. Под наростами создается анаэробная зона, которая становится анодным участком; зона, свободная от наростов, омывается водой, следовательно, аэрируется — катодный участок. Начинается процесс коррозии, усиливающийся при активизации роста железобактерий и увеличении разности потенциалов между анодом и катодом.
При наличии в воде сульфатов под наростами железобактерий могут развиваться сульфатредуцирующие бактерии, что приводит к питтинговой коррозии, т. е. самому опасному виду коррозионного разрушения. Этот вид коррозии наблюдается в теплообменниках и охлаждающих системах, системах оборотного водоснабжения на различных предприятиях. Одним из средств, предложенных для борьбы с такого вида коррозией, являются антислаймы, предотвращающие развитие железобактерий, водорослей и других слизеобразующих микроорганизмов, которые вследствие своего роста могут забивать трубы и фильтры, вызывать коррозию. В замкнутых системах эффективной мерой является применение бактерицидов и ингибиторов коррозии.