После удаления растительности, очистки и сушки поверхность каменных зданий с профилактической целью обрабатывали гидрофобизирующими препаратами 3—5%-ным водным раствором метилсиликоната натрия (ГКЖ-10), этилсиликоната натрия (ГКЖ-11) или алюмометилсиликонатом натрия. Защитная гидрофобная пленка образуется в течение 5 — 10 сут при температуре 18 — 20°С и не влияет на цвет и воздухопроницаемость камня. Авторы этого способа Д. С. Леликова и Г. Н. Томашевич применяли его для защиты от биоповреждений белокаменных архитектурных памятников Москвы и Подмосковья. Химические средства широко применяют для защиты от биоповреждений всемирно известных архитектурных памятников в Средней Азии. На стенах и глазурных куполах мечетей и минаретов ансамбля Регистан, мавзолея Гур-Эмир, мечети Биби-Ханым в Самарканде (XIV — XV вв.), в швах кирпичной кладки и трещинах крепостных стен памятников Ичан-Кола в Хиве, на башнях и стенах древней крепости Арк (VII в.), медресе Улугбека, Мир-Араб и других сооружениях в Бухаре еще недавно часто встречались деревья, кустарники, травы.
Проведенные С. А. Файрушиной исследования показали, что наиболее опасными растениями — агентами биоповреждений древних памятников архитектуры — являются каперс (Capparis spinosa L.), антак (Alhagi kirgisorum Shap.) и дерева (Lycium turcomanicum Turez).
Из-за недостатка влаги эти растения развивают мощную корневую систему. Главный корень каперса достигает толщины 15 см. Он проникает в кладку по швам между кирпичами на глубину 15—17 м, образуя многочисленные зигзаги. Разрушения куполов, стен и фундамента зданий происходит в результате комплексного воздействия механического давления растущего корня, химического растворения гипса, ганча и других минеральных связующих углекислотой и другими кислыми продуктами корневого дыхания, атмосферной и грунтовой влагой, проникающей по ходу корней, скопления гумуса в результате гниения корней отмерших растений.
Механическое уничтожение растений-агентов требует большой затраты сил и неэффективно. Для уничтожения каперса приходится раздвигать кирпичи, обламывать плитки, чтобы полностью удалить головку корня с почками, которые находятся в швах. Иначе он вырастет вновь.